Sejarah Desa 

          Dikisahkan bahwa terbentuknya Desa Pakuncen adalah karena bumi Pakuncen adalah bumi pemakaman RA. Tumenggung Purwodiningrat, RA. Tumenggung Sosrodiningrat dan kerabat atau priyayi-priyayi Mataram. Dan atas petunjuk dari mataram maka di adakanlah perjanjian antara konsultan Mataram dengan Kyai Nurjalipah (orang yang babad alas bumi pakuncen) yang isinya sebagai berikut:

1. Tanah Kyai Nurjalipah seluas 10 Ha yang salah satunya di pergunakan untuk tempat makam keluarga Pakubuwono I maka di bebaskan dari pembayaran pajak (Desa Perdikan)
2. Kyai Nurjalipah di angkat menjadi juru kunci yang pertama untuk menjaga, merawat dan mengawasi makam keluarga RMT. Poerwodiningrat beserta program-programnya yang harus di laksanakan secara rutin dan turun temurun.
3. Desa Kauman di ganti dengan nama Pakuncen di sebabkan pesarean dan penyerahan kunci cungkup makam keluarga RMT. Poerwodiningrat menjadi tanggung jawab Kyai Nurjalipah.

          Kyai Nurjalipah membuat wasiat dan kebijakan sebagai berikut:

“Mengingat perkembangan anak cucu serta famili, maka Pakuncen hanya boleh di huni keluarga sendiri. Dan meskipun keluarga sendiri tetapi tidak mematuhi peraturan yang ada maka akan diusir dari bumi Pakuncen. Pintu gerbang makam di bagi menjadi dua pintu:

1. Gerbang pertama makam Kyai Nurjalipah
2. Gerbang kedua makam keluarga mataram

Adapun orang-orang Desa lain seperti masyarakat Rowomarto dan sekitar dibenarkan dikebumikan di Pakuncen, Sebab sudah ada Perjanjian antara Kyai Nurjalipah dengan rakyat Rowomarto dan sekitar dengan tukar bumi, sama dengan cara yang di buat dari keluarga Yogyakarta untuk menjadikan Desa Perdikan.”

          Berdasarkan isi perjanjian tersebut di atas oleh keturunan Kyai Nurjalipah di terapkan. Lurah secara turun temurun merangkap jabatan sebagai juru kunci. Susunan silsilah Lurah dan juru kunci makam Pakuncen

1. Kyai Nurjalipah (Th. 1710-1760 M)
2. Marsongko (Th. 1760-1795 M)
3. Kertosari (Th. 1795-1838 M)
4. Keromosari (Th. 1838-1873 M)
5. Murtoyo (Th. 1873-1908 M)
6. Keromorejo (Th. 1908-1938 M)
7. H. Nursalam (Th. 1938-1973 M)
8. Mashuri (Th. 1973-1990 M)
9. Choiri (Th. 1990-2000 M) khusus Juru kunci
10. Ahmad Akbar Sunandir (Th. 2000 sampai sekarang) Khusus juru kunci

Adapun dari susunan lurah yang tersebut di atas adalah secara turun temurun dan berakhir pada lurah Mashuri. Setelah itu, pemilihan Kepala Desa berganti menjadi Demokratis pemilihan secara langsung oleh warga masyarakat Desa Pakuncen. Susunan Kepala Desa dengan pemilihan Demokratis

1. Munandar   (Th.1992 – 1999)
2. Parna (Th.1999 – 2007)
3. Renny Roslina (Th.2007 – 2019)
4. Sutrisno (Th.2019 – Sekarang)

          Sampai dengan saat ini pemilihan Kepala Desa di laksanakan secara Demokratis dan untuk juru kunci makam tumenggung kopek Pakuncen tetap di laksanakan secara turun temurun oleh keturunan Kyai Nurjalipah yang sudah mengantongi SK sebagai juru kunci abdi dalem keraton Mataram Yogyakarta Hadiningrat.

          Secara Geografis Desa Pakuncen terletak pada posisi 112.11433199 Lintang Selatan dan -7.549937 Bujur Timur. Topografi ketinggian desa ini adalah daratan sedang yaitu 41 m diatas permukaan air laut.

          Secara Administratif, Desa Pakuncen terletak di wilayah Kecamatan Patianrowo Kabupaten Nganjuk dengan Posisi dibatasi oleh wilayah desa-desa tetangga:

Jarak tempuh Desa Pakuncen ke Kecamatan Patianrowo adalah 1.5 km yang dapat ditempuh dengan waktu sekitar 10 menit. Sedangkan jarak tempuh ke ibukota kabupaten adalah 25 Km, yang dapat ditempuh dengan waktu sekitar 1 jam.